Dalam perspektif sistem inovasi pertanian nasional, tugas pokok Badan Litbang Pertanian berada pada subsistem atau segmen rantai pasok pengadaan inovasi (generating subsystem) dan subsistem penyampaian (delivery subsystem), serta pada subsistem penerimaan (receiving subsystem) berupa penjaringan umpan balik guna perbaikan dan pengembangan ke depan atas inovasi yang dihasilkannya.